創業者・柴田昌治が株式会社パソナの企業教育事業をMBOによって取得し、設立したビジネス教育の会社がスコラ・コンサルトの前身である株式会社エデュコンサルト。
大企業の新規事業立ち上げ支援を契機として、大企業病に苦しむ企業の増加を背景に、1986年、「組織の風土・体質」というソフト面から改革を支援する（株）スコラ・コンサルトを設立。
大手自動車メーカー、大手建機メーカーなど、業績悪化で危機的状況にある大企業の風土改革支援がコンサルティングビジネスのスタート。
初の大型プロジェクトとなった大手自動車メーカーの風土改革では、「社員の働きがいと企業の業績を両立させる」経営をめざして、「会社が社員を変えるのではなく、社員が会社を変える」という新しい変革方法論のコンセプトを提示。支援者もプロセスデザイナーとして「やらせない改革」を実践する。以来、コアネットワーク、オフサイトミーティング、スポンサーシップなど実践の方法論を発展させながら、社員が「自分たちの会社、自分たちの職場」と誇りをもって楽しく働けるような環境づくりをお手伝いしている
また、この年から三重県や横浜市など、いち早く民間の改革手法を導入して地方分権時代の先を行く改革先進自治体の支援を始める。
以来、公共分野では、地方自治体、中央省庁、教育・学校機関における組織風土改革をはじめ、近年は、戦略オフサイトミーティング、行政経営システム機能強化、住民サービス向上、対話型事業仕分け、協動事業推進など、地方分権時代の行政経営課題を支援している。
大手自動車メーカー、大手鉄鋼メーカー子会社や電機メーカー子会社など、初期の支援経験をもとに出版した『なぜ会社は変われないのか』がベストセラーに。2000年もっとも読まれたビジネス書になる。
前年には山一証券が破たんし、大企業神話が崩壊。経営危機の背後にある組織風土の問題に世の中の関心が高まった。
Webサイトの『公務員Power Station(公務員の組織風土改革世話人交流会）』を立ち上げ、改革有志ネットワークの交流が広がる。
2000年代に入ると、ITの進展やグローバル化がビジネスの常識を変え始め、環境変化に対する経営の対応力として、組織の変化する力、学習能力に注目が集まる。
チームによる主体的な学びの力と協力を変革の原動力にする「スコラ式」との親和性から、2003年、2004年、世界的なベストセラーである『学習する組織』シリーズ2作（ピーター・センゲ編著／日本経済新聞出版社）の編集・監訳を担う。
この頃から風土改革コンサルティングのクライアント企業は、初期のような業績不振企業ではなく、21世紀の新しい経営へと革新をめざす優良企業、環境変化への対応力や事業創造力を高めたいという企業の事業部門、人事部門が増えていく。
新興国を中心にアジアが新たな成長市場となり、日本企業のグローバル化が進むなかで顕在化した現地法人のマネジメントの問題を受けて、国際事業部・海外人事などを対象に、アジアビジネス支援の準備を始める。
トヨタ生産方式の構築に関わった金田秀治をビジネスパートナーに迎え、風土的側面からトヨタのDNAをひも解く『トヨタ式最強の経営』を共著で出版。
日本的経営のシンボルとしてのトヨタに注目が集まり、「トヨタ式」ブームの火付け役になる。以降、金田をはじめ、初期にトヨタ内で改善に取り組んだメンバーの改善指導会社が事業パートナーに。
日本経済新聞社から企業名を冠した〈スコラ式風土改革シリーズ〉を刊行。
自社開発の「組織風土アセスメント」を、定性調査と対話の場を組み込んで展開開始。「組織風土アセスメント」を登録商標に。
旧「経営者アカデミー」（2005年からスタート）を刷新し、中堅・中小企業の経営者を対象にした経営支援と相互学習の場「経営者オフサイト」を開始。
トップ依存型の経営を変えるマネジメントの変革と事業イノベーションを一体で進める「いい会社づくりワークショップ」など成熟時代の事業支援プログラムを強化する。
アジアが新たな成長市場となり、日本企業のグローバル化が進むなかで、現地法人のマネジメントの問題が顕在化し、アジアビジネス支援のため、シンガポールに会社設立。
創業者である代表・柴田昌治が退任し、スコラ・コンサルトはチーム経営体制に移行。
国際ODネットワークの世界大会において、日本生まれの組織開発系コンサルティング会社としてスコラ・コンサルトが紹介される。
2011年の東日本大震災後、社員個人の発意から、学生と社会人が働くことの意味や目的を真剣に語り合う場「ハタモク」が誕生。コアネットワーク方式で産学の境界を超えて場が広がっている。翌年には「社会起業大学ソーシャルビジネスグランプリ2012冬」で心と身体の健康ビジネス大賞を受賞。
地方分権の実現に取り組む自治体の支援を機軸に、「行政組織の変革」に特化した情報発信や支援を行なっていくため、「行政経営デザインラボ」を立ち上げる。
スコラ式風土改革による支援の範囲を広く社会に、グローバルに展開するため、二つの会社を設立。
1.株式会社もくてき設立
｢ハタモク｣に始まった学生、社会人、企業人向けの活動をさらに拡大、発展させていくため、生きる目的、働く目的、学ぶ目的など「目的創造と具現化」を支援する社内ベンチャー「もくてき」を設立。目的を持って働く、生きることを当たり前とする新しい常識を世の中に創り出し、イキイキと活力あふれ健全に成長していける社会の実現をめざす。
2.スコラ・コンサルト・アジア設立
アジアを皮切りに日本企業のグローバル化を組織風土改革の方法論で支援するため、スコラ・コンサルト・アジアをシンガポールに設立。グローバルビジネスにおける組織・人材課題を一社だけで考えるのではなく、複数社のトップがチームとなって考え合い、解決していく「オープンコンサルティング」をスタートする。
長年培った知的資産を生かし、〈SHARED SCHOLAR〉のコンセプトのもと「社会で活用されるスコラ式」をめざして変革学習の場（＝スコラオープンラボ）を公開。コンサルティングの軸足も、期間限定プロジェクト支援から「自走による持続的支援」へとシフトする。